Ο ζωονόμος σιμιώδης αφρός στο Μπαγκλαντές αντανακλά ποικίλα πρότυπα μετάδοσης και συν-μόλυνσης

Πλήρες άρθρο Σχήματα & δεδομένα Παραπομπές Παραπομπές Μετρικές Αδειοδότηση Αναδημοσιεύσεις & Άδειες PDF Περίληψη Οι σιμιώδεις αφρισμένοι ιοί (SFVs) είναι πανταχού παρόντες σε πρωτεύοντα μη ανθρώπινα (NHP). Όπως σε όλους τους ρετροϊούς, η αντίστροφη μεταγραφή του SFV οδηγεί σε ανασυνδυασμό και μετάλλαξη. Επειδή έχει αποδειχθεί ότι περισσότεροι άνθρωποι έχουν μολυνθεί με SFV παρά με οποιονδήποτε άλλο ιό που μεταδίδεται με προσομοίωση, ο SFV είναι ένα δυνητικά ισχυρό μοντέλο για τη μελέτη της ιολογίας και της επιδημιολογίας των ιών στη διεπαφή ανθρώπου/NHP. Στην Ασία, ο SFV μεταδίδεται πιθανότατα στον άνθρωπο μέσω δαγκωμάτων μακάκα και γρατζουνιών που συμβαίνουν στο πλαίσιο της καθημερινής ζωής. Αναλύσαμε πολλαπλές προϊικές αλληλουχίες από το γονίδιο SFV gag τόσο από ανθρώπους όσο και από μακάκους, προκειμένου να χαρακτηρίσουμε τη ρετροϊική μετάδοση στη διεπαφή ανθρώπου/NHP στο Μπαγκλαντές. Εδώ αναφέρουμε στοιχεία ότι οι άνθρωποι μπορούν ταυτόχρονα να μολυνθούν με πολλαπλά στελέχη SFV, με ορισμένα άτομα να έχουν μολυνθεί τόσο από ένα αυτόχθονο στέλεχος SFV όσο και από ένα στέλεχος παρόμοιο με το SFV που βρίσκεται σε μακάκους από άλλη γεωγραφική περιοχή. Αυτά τα δεδομένα, σε συνδυασμό με προηγούμενα αποτελέσματα, υποδηλώνουν ότι τόσο η διευκόλυνση της κίνησης των μακάκων από τον άνθρωπο που οδηγεί στην εισαγωγή στελεχών SFV που δεν κατοικούν όσο και ο ανασυνδυασμός ρετροϊών σε μακάκους συμβάλλουν στην ποικιλομορφία των SFV μεταξύ των ανθρώπων στο Μπαγκλαντές. Μετάδοση Εισαγωγή Οι ιοί αφρού (FVs) είναι μια υποοικογένεια ρετροϊών που διανέμονται ευρέως σε σπονδυλωτούς ξενιστές, συμπεριλαμβανομένων των πρωτευόντων μη-ανθρώπων, των γατών, των αγελάδων και των αλόγων. 1Meiering CD, Linial ML. Clin Microbiol Rev2001, 14: 165-176. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] FV είναι αρχαίοι εξωγενείς ιοί που μεταδίδονται αποτελεσματικά μεταξύ των ξενιστών αλλά δεν είναι γνωστό ότι προκαλούν ασθένειες. Switzer WM, Salemi M, Shanmugam Vet al. αφρώδεις ιοί και πρωτεύοντα. Nature2005 · 434: 376–380. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Αν και είναι σχεδόν πανταχού παρούσα σε πρωτεύοντα μη-ανθρώπους (NHPs), ο αφρός αφρώδους ιού (SFV) δεν είναι ενδημικός στον Homo sapiens. Ζωονωτική μόλυνση των ανθρώπων με SFV έχει ανιχνευθεί προηγουμένως σε πολλές χώρες και σε διάφορα πλαίσια επαφών μεταξύ των ειδών, συμπεριλαμβανομένων εργαστηρίων NHP και εργαζομένων σε ζωολογικούς κήπους στη Βόρεια Αμερική, εργαζόμενους σε «ναούς πιθήκων», ιδιοκτήτες κατοικίδιων ζώων και άτομα που ζουν γύρω από μακάκους ελεύθερης βοσκής σε Νότια και Νοτιοανατολικά Ασία και κυνηγοί θάμνου στην Κεντρική Αφρική. 3 Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 και σιμιώδη αφρώδη ρετροϊούς στους ανθρώπους: ανακάλυψη, επιδημιολογία, μετάδοση μεταξύ ειδών και μοριακή ιολογία. Ιολογία 2013; 435: 187–199. [Crossref], [Google Scholar] Μέχρι σήμερα, η μετάδοση SFV από άνθρωπο σε άνθρωπο έχει τεκμηριωθεί σε> 100 άτομα, πολύ περισσότερο από τον αριθμό των συμβάντων μετάδοσης μεταξύ ειδών για τους άλλους γνωστούς ρετροϊούς που μεταδίδονται με NHP: ιός ανοσοανεπάρκειας προσομοίωσης , λεμφοτροφικός ιός προσομοίωσης D ή προσομοίωση Τ-κυττάρων. Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/3 και προσομοίωση αφρώδους ρετροϊού στους ανθρώπους: ανακάλυψη, επιδημιολογία, μετάδοση μεταξύ ειδών και μοριακή ιολογία Το Ιολογία 2013; 435: 187–199. [Crossref], [Google Scholar], 4Khabbaz RF, Heneine W, George JRet al. Μόλυνση εργαζόμενου εργαστηρίου με ιό ανοσοανεπάρκειας προσομοίωσης. N Engl J Med1994 · 330: 172–177. [Crossref], [Google Scholar], 5Lerche NW, Switzer WM, Yee JLet al. Απόδειξη μόλυνσης από ρετροϊό τύπου προσομοίωσης τύπου D σε άτομα που εκτίθενται επαγγελματικά σε μη ανθρώπινα πρωτεύοντα. J Virol2001; 75: 1783-1789. [Crossref], [Google Scholar], 6Switzer WM, Bhullar V, Shanmugam Vet al. Συχνή λοίμωξη από ιό σιμιώδους αφρού σε άτομα που εκτίθενται επαγγελματικά σε μη ανθρώπινα πρωτεύοντα. J Virol2004 · 78: 2780–2789. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar], 7Kalish ML, Wolfe ND, Ndongmo CBet al. Κεντρικοί Αφρικανοί κυνηγοί εκτεθειμένοι σε ιό ανοσοανεπάρκειας προσομοίωσης. Emerg Infect Dis2005, 11: 1928-1930. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Δεδομένου του υψηλού επιπολασμού του SFV στο NHP και της ποικιλίας και της έκτασης της διασύνδεσης μεταξύ ανθρώπων και NHP, εκτιμάται ότι παγκοσμίως ο αριθμός των μολυσμένων ατόμων μπορεί να φτάσει τα δεκάδες χιλιάδων.8Engel G, Hungerford LL, Jones-Engel Let al. Αξιολόγηση κινδύνου: ένα μοντέλο για την πρόβλεψη διασταυρούμενης μετάδοσης του αφρώδους ιού των σιμιών από μακάκους (Μ. fascicularis) στους ανθρώπους σε ναό πιθήκων στο Μπαλί, Ινδονησία. Am J Primatol2006 · 68: 934–948. [Crossref], [Google Scholar], 9Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al. Νέες μολύνσεις από ιούς αφρώδους ιού από πολλαπλά είδη πιθήκων σε γυναίκες από τη Λαϊκή Δημοκρατία του Κονγκό. Retrovirology2012; 9: 100. [Crossref], [Google Scholar] Επιπλέον, οι λίγες διαχρονικές μελέτες ανθρώπων που έχουν μολυνθεί από SFV υποδηλώνουν ότι ο SFV δεν μεταδίδεται από το ένα άτομο στο άλλο. 10 Boneva RS, Switzer WM, Spira TJet al. αφρώδεις ιοί. AIDS Res Hum Retroviruses2007; 23: 1330–1337. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Ως εκ τούτου, ο χαρακτηρισμός των παραγόντων που επηρεάζουν τη ζωονοτική μετάδοση του SFV μπορεί να παρέχει το καλύτερο σύγχρονο μοντέλο για την κατανόηση του τρόπου και του λόγου που ορισμένοι ιοί NHP είναι ικανοί να προκαλέσουν διαρκή ανθρώπινη -ανθρώπινη μετάδοση. Η ομάδα μας έχει μελετήσει τη διεπαφή μεταξύ ανθρώπων και NHP στο Μπαγκλαντές τα τελευταία 6 χρόνια, εστιάζοντας στη μετάδοση μολυσματικών παραγόντων μεταξύ των ειδών. στο Μπαγκλαντές, 11–2007. J Virol2013; 87: 558–571. [Crossref], [Google Scholar], 12Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al. Φυσικά αποκτήθηκαν λοιμώξεις από πικορναϊό σε μη ανθρώπινα πρωτεύοντα στο ζωολογικό κήπο της Ντάκα. J Virol2013; 87: 572–580. [Crossref], [Google Scholar], 13Karlsson EA, Engel GA, Feeroz MMet al. Μόλυνση από ιό της γρίπης σε μη ανθρώπινα πρωτεύοντα. Emerg Infect Dis2012; 18: 1672–1675. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Το Μπαγκλαντές είναι μία από τις πιο πυκνοκατοικημένες χώρες στον κόσμο, με πολλές αστικές περιοχές να βρίσκονται εντός ή κοντά σε βιότοπους NHP. Αρκετά ταξινομικά είδη NHP είναι εγγενή στο Μπαγκλαντές, με το rhesus macaque (Macaca mulatta) το πιο πολυάριθμο και ευρέως διαδεδομένο. μέγεθος και σύνθεση. Primate Conserv2013; 26: 115–124. [Crossref], [Google Scholar] Καθώς ο δασικός βιότοπος συνεχίζει να λιγοστεύει, το μικρό, οικολογικά ευέλικτο ρέζος ευδοκιμεί σε βιότοπους που έχουν αλλάξει από τον άνθρωπο, ιδιαίτερα σε περιοχές όπου οι πολιτισμικές συμπεριφορές ενθαρρύνουν την ανοχή τους.15 Feeoz MM, Soliven K, Small CTet al. των μακάκων rhesus και του συναφούς αφρώδους ιού στο Μπαγκλαντές. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Ενώ η επαφή μεταξύ ανθρώπων και rhesus macaques συμβαίνει κυρίως σε κοινότητες όπου οι μακάκοι είναι ελεύθερης εμβέλειας, εμφανίζεται επίσης σε θρησκευτικά ιερά που έχουν καταστεί καταφύγια για μακάκους και μέσω της ιδιοκτησίας μακακικών κατοικίδιων. Επιπλέον, ένας νομαδικός λαός, γνωστός ως Bade ή Qalandar, ταξίδεψε στην περιοχή εδώ και αιώνες, εξασφαλίζοντας τα προς το ζην, ανεβάζοντας παραστάσεις με εκπαιδευμένους μακάκους. Σε αντίθεση με την Αφρική, το κυνήγι πιθήκων για κρέας θάμνου είναι σπάνιο στο Μπαγκλαντές, περιοριζόμενο σε αυτόχθονες πληθυσμούς στις περιοχές Chittagong Hill Tracts που συνορεύουν με τη Μιανμάρ. η φυλή Mro στο Chittagong Hill Tracts, Μπαγκλαντές. Int J Biodiversity Sci Manage2007; 3: 56–62. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Η μετάδοση SFV από άνθρωπο σε άνθρωπο θεωρείται ότι συμβαίνει συχνότερα μέσω δαγκωμάτων. Ο SFV αναπαράγεται ενεργά στους βλεννογόνους του στόματος μολυσμένων πιθήκων, επιτυγχάνοντας υψηλές συγκεντρώσεις στο σάλιο, όπου μπορούν εύκολα να εντοπιστούν γονιδιωματικά και mRNA. προκαλούμενη ανοσοκαταστολή. J Virol2006, 80: 663–670. [Crossref], [Google Scholar] Ωστόσο, σχετικά λίγα είναι γνωστά σχετικά με το πώς τα χαρακτηριστικά του ξενιστή ή των ιών επηρεάζουν τη μετάδοση του SFV. Ακόμη και τα σοβαρά δαγκώματα δεν οδηγούν αξιόπιστα σε λοίμωξη. Retrovirology2012; 9: 100. [Crossref], [Google Scholar] Αντιστρόφως, ορισμένοι άνθρωποι με τεκμηριωμένη μόλυνση δεν θυμούνται σημαντική έκθεση σε ιστό NHP ή NHP. Άλλες σημαντικές ερωτήσεις σχετικά με τη ζωονοσολογική μετάδοση και μόλυνση SFV παραμένουν άλυτες. Για παράδειγμα, ενώ το προϊικό DNA ανιχνεύεται επίμονα επί δεκαετίες σε ορισμένους μολυσμένους με SFV ανθρώπους. Άλλα άτομα αναπτύσσουν αντισώματα έναντι του SFV χωρίς ανιχνεύσιμο προϊικό DNA. Ιολογία 2013; 435: 187–199. [Crossref], [Google Scholar] Μένει να ανακαλυφθεί εάν ορισμένα άτομα καθαρίζουν τη μόλυνση ή αν ορισμένα ιικά στελέχη είναι πιο ικανά να επιμείνουν. Απαιτείται περαιτέρω έρευνα για να προσδιοριστεί εάν, ανάλογο με το SIV/HIV, στον οποίο ο ανασυνδυασμός μεταξύ ρετροϊικών στελεχών σε έναν νέο ξενιστή ήταν ένα πρόδρομο γεγονός για την εξέλιξη των πανδημικών ιών, υπάρχουν ενδείξεις ότι οι SFV ανασυνδυάζονται σε ανθρώπινους ξενιστές. Λίγες μελέτες έχουν διεξαχθεί για να διαπιστωθεί εάν η συγκέντρωση του SFV στο σάλιο επηρεάζει ή όχι τη ζωονοτική μετάδοση ή πώς η ανθρώπινη ανοσοαπόκριση διευκολύνει ή αποτρέπει τη μόλυνση ή τη συνέχιση της ιαιμίας (Soliven et al. και Matsen et αϊ., αδημοσίευτη). Και ενώ τα δεδομένα που συλλέχθηκαν σε άλλες γεωγραφικές περιοχές και άλλα πλαίσια επαφής ανθρώπου-μακάκου έδωσαν εικόνα για το πώς οι δημογραφικές μεταβλητές και η συμπεριφορά του μακάκου και του ανθρώπου συμβάλλουν στην πιθανότητα επιθετικότητας μακάκου σε άνθρωπο, σχετικά λίγα είναι γνωστά για το πώς αυτές οι μεταβλητές επηρεάζουν τον ρετροϊό μετάδοση.18Fuentes A, Gamerl S. Δυσανάλογη συμμετοχή κατά τάξεις ηλικίας/φύλου σε επιθετικές αλληλεπιδράσεις μεταξύ μακάκων μακράς ουράς (Macaca fascicularis) και ανθρώπων τουριστών στο δάσος πιθήκων Padangtegal, Μπαλί, Ινδονησία. Am J Primatol2005; 66: 197–204. [Crossref], [Google Scholar] Εδώ παρουσιάζουμε δεδομένα που περιγράφουν την έκθεση ανθρώπων σε μακακούς ρέζους και μόλυνση με SFV σε αρκετές τοποθεσίες στο Μπαγκλαντές και σε ιδιοκτήτες πιθήκων. Οι περισσότερες άλλες μελέτες έχουν επικεντρωθεί σε μια περιοχή του γονιδίου pol (integrase), η οποία είναι πολύ διατηρημένη και έτσι μπορεί να μην αποκαλύψει την παραλλαγή του SFV που βρέθηκε σε μολυσμένα άτομα ενός είδους. Λάβαμε πολλούς κλώνους από ολόκληρο το αίμα και προσδιορίσαμε την αλληλουχία ενός μέρους του γονιδίου SFV gag, που επιλέξαμε έναντι του pol για να αποκαλύψουμε μεγαλύτερη γενετική παραλλαγή του SFV και χρησιμοποιήσαμε τα δεδομένα αλληλουχίας για σύγκριση του ιού που βρέθηκε στους ανθρώπους με αυτόν που βρέθηκε στους μακάκους με τους οποίους αλληλεπιδρούν Το Δείχνουμε ότι οι άνθρωποι μπορούν ταυτόχρονα να μολυνθούν από πολλαπλά στελέχη SFV. Μερικά άτομα έχουν μολυνθεί τόσο από ένα αυτόχθονο (με καταγωγή όπου βρέθηκε) στέλεχος SFV όσο και από ένα στέλεχος παρόμοιο με το SFV που βρίσκεται σε μακάκους από άλλες γεωγραφικές περιοχές. Η αύξηση της ηλικίας ήταν σημαντικός παράγοντας κινδύνου για τη ζωονοσολογική μετάδοση του SFV σε ανθρώπους. Το γυναικείο φύλο και η ινδουιστική θρησκεία μπορεί επίσης να σχετίζονται με αυξημένο κίνδυνο. Αυτά τα δεδομένα σε συνδυασμό με τα προηγούμενα αποτελέσματά μας15 Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Δυναμική πληθυσμού μακάκων rhesus και σχετικού αφρώδους ιού στο Μπαγκλαντές. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] προτείνουν ότι η διευκόλυνση της κίνησης των μακάκων από τον άνθρωπο, οι πολλαπλές λοιμώξεις από SFV και ο ανασυνδυασμός ρετροϊών συμβάλλουν στη ρετροϊική ποικιλομορφία στο Μπαγκλαντές. ΥΛΙΚΑ ΚΑΙ ΜΕΘΟΔΟΙ Τοποθεσίες και πληθυσμοί μελέτης τοποθεσίες (Sylhet, Bormi, Dhamrai, Narayanganj και Charmaguria), καθώς και 209 ιδιοκτήτες πιθήκων που ανήκουν σε μια νομαδική ομάδα και ανεβάζουν παραστάσεις με τους εκπαιδευμένους μακάκους τους. Οι κοινοτικοί χώροι δημιουργήθηκαν το 2007 σε περιοχές όπου οι μακάκοι εκτείνονται ελεύθερα και όπου οι κάτοικοι ήταν πρόθυμοι να συμμετάσχουν στη διαχρονική έρευνα σχετικά με τη μετάδοση μολυσματικών παραγόντων μεταξύ των ειδών. Δειγματοληψίσαμε τους ιδιοκτήτες πιθήκων που εκτελούσαν ευκαιριακά, όταν τους συναντήσαμε καθ 'οδόν προς ή από τους χώρους μελέτης της κοινότητάς μας. Μια ανάλυση της ποικιλομορφίας SFV μεταξύ πιθήκων από το Μπαγκλαντές παρουσιάζεται στη συνοδευτική μελέτη μας. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Τα δεδομένα από αυτήν τη μελέτη αποτελούν επίσης μέρος του συνόλου δεδομένων μακακικού SFV που διερευνήθηκαν στην παρούσα μελέτη. Εδώ παρουσιάζουμε μια σύντομη περιγραφή των τοποθεσιών πεδίου (Εικόνα 1) που περιλαμβάνονται σε αυτή τη μελέτη. Zoonotic simian foamy virus στο Μπαγκλαντές αντανακλά ποικίλα πρότυπα μετάδοσης και συν-μόλυνσης Όλοι οι συγγραφείς Grigory A Engel, Christopher T Small, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial & Lisa Jones-Engel Ανθρώπινα υποκείμενα έλαβαν συνεντεύξεις και δείγματα σε πέντε αστικές τοποθεσίες σε όλο το Μπαγκλαντές, όπου οι μακάκοι ρέζους ήταν ελεύθερης εμβέλειας. Πρόσφατα δείξαμε ότι σε κάθε μία από αυτές τις τοποθεσίες μπορεί να ανιχνευθεί ένα βασικό στέλεχος (α) SFV στους μακάκους. 15 Feeoz MM, Soliven K, Small CTet al. Δυναμική πληθυσμού μακάκων rhesus και σχετικού αφρώδους ιού στο Μπαγκλαντές. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Τα στελέχη του πυρήνα rhesus SFV είναι χρωματικά κωδικοποιημένα σε αυτόν τον χάρτη. Για τα άτομα που υποδεικνύονται με «BGH») που βρέθηκαν μολυσμένα με SFV, λάβαμε πολλαπλούς κλώνους από πλήρες αίμα και προσδιορίσαμε την αλληλουχία ενός μέρους του γονιδίου SGV gag. Τα δεδομένα αλληλουχίας χρησιμοποιήθηκαν για τη σύγκριση του ιού που βρέθηκε στους ανθρώπους με αυτόν που βρέθηκε στους μακάκους από αυτήν την περιοχή. Το χρώμα των κύκλων δίπλα σε κάθε αναγνωριστικό BGH δηλώνει το στέλεχος SFV που εντοπίστηκε σε αυτούς τους ανθρώπους. Σημειώστε ότι τέσσερα από τα άτομα μολύνθηκαν ταυτόχρονα από πολλαπλά στελέχη SFV και ότι ορισμένα άτομα έχουν μολυνθεί τόσο από ένα αυτόχθονο (με καταγωγή όπου βρέθηκε) στέλεχος SFV όσο και από ένα στέλεχος παρόμοιο με το SFV που βρέθηκε σε μακάκους από άλλες γεωγραφικές περιοχές. nks, καμία γνωστή πηγή. Εμφάνιση πλήρους μεγέθους Εικόνα 1 Θέσεις δειγματοληψίας και ποικιλία στελεχών SFV που ανιχνεύθηκαν σε ζωονόσως μολυσμένα ανθρώπινα άτομα. Ανθρώπινα υποκείμενα έλαβαν συνεντεύξεις και δείγματα σε πέντε αστικές τοποθεσίες σε όλο το Μπαγκλαντές, όπου οι μακάκοι ρέζους ήταν ελεύθερης εμβέλειας. Πρόσφατα δείξαμε ότι σε κάθε μία από αυτές τις τοποθεσίες μπορεί να ανιχνευθεί ένα βασικό στέλεχος (α) SFV στους μακάκους. 15 Feeoz MM, Soliven K, Small CTet al. Δυναμική πληθυσμού μακάκων rhesus και σχετικού αφρώδους ιού στο Μπαγκλαντές. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Τα στελέχη του πυρήνα rhesus SFV είναι χρωματικά κωδικοποιημένα σε αυτόν τον χάρτη. Για τα άτομα που υποδεικνύονται με «BGH») που βρέθηκαν μολυσμένα με SFV, λάβαμε πολλαπλούς κλώνους από πλήρες αίμα και προσδιορίσαμε την αλληλουχία ενός μέρους του γονιδίου SGV gag. Τα δεδομένα αλληλουχίας χρησιμοποιήθηκαν για τη σύγκριση του ιού που βρέθηκε στους ανθρώπους με αυτόν που βρέθηκε στους μακάκους από αυτήν την περιοχή. Το χρώμα των κύκλων δίπλα σε κάθε αναγνωριστικό BGH δηλώνει το στέλεχος SFV που εντοπίστηκε σε αυτούς τους ανθρώπους. Σημειώστε ότι τέσσερα από τα άτομα μολύνθηκαν ταυτόχρονα από πολλαπλά στελέχη SFV και ότι ορισμένα άτομα έχουν μολυνθεί τόσο από ένα αυτόχθονο (με καταγωγή όπου βρέθηκε) στέλεχος SFV όσο και από ένα στέλεχος παρόμοιο με το SFV που βρέθηκε σε μακάκους από άλλες γεωγραφικές περιοχές. nks, καμία γνωστή πηγή. SylhetΒρίσκεται στο βορειοανατολικό τμήμα της χώρας, σε απόσταση 35 χιλιομέτρων από τα σύνορα με την επαρχία Assam της Ινδίας, η Sylhet είναι η τρίτη μεγαλύτερη πόλη στο Μπαγκλαντές. Ένας πληθυσμός περίπου 125 μακάκων βρίσκεται στο ιερό Shah Jalal στο κέντρο της πόλης. Οι μακάκοι του Sylhet κυμαίνονται πάνω από το χώρο του ιερού και στην αμέσως γειτονική γειτονιά. Οι μακάκοι του Shah Jalal παρέχονται τακτικά από το προσωπικό του ιερού και συχνά λαμβάνουν φαγητό από τους επισκέπτες του ιερού. Δεκατέσσερα ανθρώπινα άτομα που ζουν κοντά στο ιερό συμμετείχαν στη μελέτη. Bormi Στην πόλη Bormi, περίπου 50 χιλιόμετρα βόρεια της Ντάκα, πάνω από 200 μακάκοι ρέζους κυμαίνονται σε όλο το χωριό, κινούνται ελεύθερα μεταξύ ινδουιστικών και μουσουλμανικών περιοχών, συχνά μπαίνοντας σε σπίτια σε αναζήτηση του φαγητού. Αν και ορισμένοι κάτοικοι του Bormi προσφέρουν περιστασιακά φαγητό στους μακάκους, δεν υπάρχει οργανωμένη παροχή. Συνολικά 105 άτομα από το Bormi συμμετείχαν σε αυτή τη μελέτη. DhamraiΗ πόλη Dhamrai βρίσκεται 40 χλμ νοτιοδυτικά του Bormi. Περίπου 75-100 μακάκοι κυμαίνονται ελεύθερα μέσω του Dhamrai. Οι μακάκοι προτιμούν περιοχές με μεγάλη σκιά και καρποφόρα δέντρα, τα οποία συναντώνται συχνότερα σε γειτονιές Ινδουιστών. Όπως και στο Bormi, δεν υπάρχει οργανωμένη παροχή μακάκων. Εννέα άτομα από το Dhamrai συμπεριλήφθηκαν σε αυτό το σύνολο δεδομένων. Narayanganj Ο πληθυσμός του rhesus macaque συνεχίζει να μειώνεται σε αυτήν την περιοχή καθώς η αστική ανάπτυξη μετατοπίζει τους χώρους πρασίνου. Οι εκτιμώμενοι 60 μακάκοι σε αυτήν την πόλη δεν είναι εφοδιασμένοι και δεν έχουν συνηθίσει καλά στους ανθρώπους. Τριάντα έξι ανθρώπινα υποκείμενα από το Narayanganj συμμετείχαν στη μελέτη. CharmaguriaCharmaguria βρίσκεται 150 χιλιόμετρα νότια/νοτιοδυτικά της Ντάκα κατά μήκος του ποταμού Πάντμα. Οι> 200 μακάκοι σε αυτήν την περιοχή παρέχονται από έναν τοπικό οργανισμό σε κεντρική τοποθεσία και οι άφθονες καταπράσινες περιοχές σε αυτή τη μικρή πόλη παρέχουν φυσικούς διαδρόμους κατά μήκος των οποίων τα ζώα κυμαίνονται ευρέως. Σαράντα πέντε άτομα από τη Charmaguria συμμετείχαν στη μελέτη. Τα πρωτόκολλα στρατολόγησης, συναίνεσης και δειγματοληψίας, συμπεριλαμβανομένης της παρακολούθησης θετικών ατόμων με SFV, έχουν εγκριθεί από το Συμβούλιο Επισκόπησης Ανθρώπινων Θεμάτων του Πανεπιστημίου της Ουάσινγκτον (23055) και ανάλογο πίνακα αναθεώρησης στο Πανεπιστήμιο Jahangirnagar, Μπαγκλαντές. Τα βιολογικά και δημογραφικά δεδομένα από ανθρώπινα υποκείμενα κωδικοποιήθηκαν με μοναδικά, ανώνυμα αναγνωριστικά που ξεκίνησαν με το «BanGladesh Human» (BGH). Σε κάθε ιστότοπο κοινότητας, τα μέλη της ομάδας του Μπαγκλαντές ξεκίνησαν επαφή με τους ηγέτες της γειτονιάς και προσδιόρισαν μια κεντρική τοποθεσία εντός του εύρους των μακάκων για τη συλλογή δεδομένων. Τα μέλη της ομάδας του Μπαγκλαντές συνεργάστηκαν στη συνέχεια με τους κατοίκους της κοινότητας και έτρεξαν με τα πόδια, ζητώντας τη συμμετοχή ατόμων που αυτοπροσδιορίστηκαν ότι τσίμπησαν ή τραυματίστηκαν από μακάκους. Τα κριτήρια ένταξης για τα άτομα περιελάμβαναν ηλικία μεγαλύτερη των 18 ετών, αυτοαναφερόμενη έκθεση σε NHP και/ή μακροχρόνια (> 20 έτη) διαμονή στο χωριό. Η γραπτή συγκατάθεση ενημερώθηκε από όλα τα άτομα. Τα δημογραφικά δεδομένα και τα δεδομένα που περιγράφουν τις εκθέσεις σε NHP αποκτήθηκαν μέσω ενός ερωτηματολογίου που διαχειρίστηκε ένα μέλος της ομάδας στην τοπική γλώσσα, το Μπενγκάλι. Δέκα χιλιοστόλιτρα πλήρους αίματος συλλέχθηκαν από την προκοιλιακή φλέβα κάθε ατόμου σε ένα σωλήνα που περιέχει τετραοξικό οξύ αιθυλενοδιαμίνης, αποθηκεύτηκε στον πάγο για όχι περισσότερο από 12 ώρες, και στη συνέχεια φυγοκεντρήθηκε. Τα δείγματα πλήρους αίματος και πλάσματος αποθηκεύτηκαν στους -80 ° C μέχρι να αναλυθούν. Τα Whatman Sterile Omni Swabs (Whatman, Piscataway, NJ, USA) χρησιμοποιήθηκαν για τη λήψη δειγμάτων στοματικού βλεννογόνου. Τα επιχρίσματα τοποθετήθηκαν αμέσως σε 500 μL Qiagen Buffer RLT (Qiagen, Valencia, CA, USA) ψύχθηκαν σε πάγο για όχι περισσότερο από 12 ώρες πριν καταψυχθούν στους -80 ° C μέχρι να αναλυθούν. Αυτές οι μέθοδοι είναι ουσιαστικά πανομοιότυπες με αυτές που χρησιμοποιήσαμε για την απόκτηση και αποθήκευση βιολογικών δειγμάτων που προέρχονται από μακάκους. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Επανάληψη δειγματοληψίας επιβεβαιωμένων SFV θετικών ανθρώπων Εάν ένα άτομο υποβλήθηκε σε SFV θετικό με αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR), η ερευνητική ομάδα προσπάθησε να επικοινωνήσει και να επαναπροσδιορίσει το θέμα περίπου 1 χρόνο μετά την αρχική δειγματοληψία Το Τα πρωτόκολλα συλλογής βιολογικού δείγματος για παρακολούθηση δειγματοληψίας των θετικών ατόμων με SFV ήταν τα ίδια που χρησιμοποιήθηκαν κατά την αρχική δειγματοληψία. Επιπλέον, θετικά άτομα με SFV έλαβαν μια σύντομη φυσική εξέταση και συλλέχθηκε ένα σε βάθος ιατρικό ιστορικό. Ρεζούσα μακακική δειγματοληψία Το συνοδευτικό μας χειρόγραφο για αυτό το έργο Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] παρέχει όλα τα δείγματα ζώων και εργαστηριακά πρωτόκολλα. Στην παρούσα μελέτη περιλαμβάνονται αλληλουχίες SFV gag από συνολικά 184 μακάκους rhesus (Εικόνα 2). Περιλαμβάνουμε επίσης σε αυτό το σύνολο δεδομένων αλληλουχίες που ελήφθησαν από τέσσερα rhesus, δύο από το Dhamrai και δύο από το Bormi, τα οποία καταφέραμε να επαναπροσδιορίσουμε δύο χρόνια μετά την αρχική δειγματοληψία τους. Zoonotic simian foamy virus στο Μπαγκλαντές αντανακλά ποικίλα πρότυπα μετάδοσης και συν-μόλυνσης Όλοι οι συγγραφείςGregory A Engel, Christopher T Small, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial & Lisa Jones-Engel Για κάθε πίθηκο, μια γραμμή χρώματος που αντιστοιχεί στον πληθυσμό δειγμάτων πιθήκων παρουσιάζεται στο (Α) και έγχρωμα κεραμίδια που αντιστοιχούν σε στελέχη που παρατηρούνται στο δείγμα αίματος του πιθήκου που φαίνεται στο (Β). Τα μη πυρήνα στελέχη επισημαίνονται σύμφωνα με ανασυνδυασμένες σχέσεις που έχουν δημιουργηθεί με γονικά στελέχη. Οι θετικές αντιστοιχίσεις ορίζονται με πιθανότητα τουλάχιστον 90% για 200 ή περισσότερα συνεχόμενα ζεύγη βάσεων σε ανάλυση cBrother. Οι περιοχές του γονιδιώματος που δεν ταιριάζουν με γονικά στελέχη πάνω από αυτό το όριο για τουλάχιστον 200 nt σημειώθηκαν ως nks (καμία γνωστή πηγή). Αυτή είναι μια απλοποιημένη έκδοση ενός σχήματος από το συνοδευτικό έγγραφο για αυτήν τη μελέτη, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Δυναμική πληθυσμού μακάκων rhesus και σχετικού αφρώδους ιού στο Μπαγκλαντές. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] αλλά με ενημερωμένες ταξινομήσεις στελεχών. Εμφάνιση πλήρους μεγέθους Εικόνα 2 Ταξινόμηση στελεχών αίματος για πιθήκους από δειγματοληψίες πληθυσμών. Για κάθε πίθηκο, μια γραμμή χρώματος που αντιστοιχεί στον πληθυσμό δειγμάτων πιθήκων παρουσιάζεται στο (Α) και έγχρωμα κεραμίδια που αντιστοιχούν σε στελέχη που παρατηρούνται στο δείγμα αίματος του πιθήκου που φαίνεται στο (Β). Τα μη πυρήνα στελέχη επισημαίνονται σύμφωνα με ανασυνδυασμένες σχέσεις που έχουν δημιουργηθεί με γονικά στελέχη. Οι θετικές αντιστοιχίσεις ορίζονται με πιθανότητα τουλάχιστον 90% για 200 ή περισσότερα συνεχόμενα ζεύγη βάσεων σε ανάλυση cBrother. Οι περιοχές του γονιδιώματος που δεν ταιριάζουν με γονικά στελέχη πάνω από αυτό το όριο για τουλάχιστον 200 nt σημειώθηκαν ως nks (καμία γνωστή πηγή). Αυτή είναι μια απλοποιημένη έκδοση ενός σχήματος από το συνοδευτικό έγγραφο για αυτήν τη μελέτη, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Δυναμική πληθυσμού μακάκων rhesus και σχετικού αφρώδους ιού στο Μπαγκλαντές. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] αλλά με ενημερωμένες ταξινομήσεις στελέχους. Ανίχνευση SFV Δυτική αποτύπωση Ινοβλάστης macaque Resus κυτταρική σειρά Telo-RF19 Kirchoff V, Wong S, St JS, Pari GS. Δημιουργία κυτταρικής σειράς ινοβλαστών πιθήκων rhesus για ζωή την ανάπτυξη του ραδινοϊού rhesus (RRV). Arch Virol2002 · 147: 321–333. [Crossref], [Google Scholar] μολύνθηκε με SFV M. mulatta ή M. fascicularis, ή αφήνεται μη μολυσμένο. Μετά από 48 ώρες, τα κύτταρα λύθηκαν σε 1 buff ρυθμιστικό δείγματος δωδεκυλοθειικού νατρίου (50 mM Tris-HCl (pH 6.8), 10% γλυκερόλη, 2% δωδεκυλο θειικό νάτριο, 5% 2-μερκαπτοαιθανόλη, 0.01% μπλε βρωμοφαινόλη) και δείγματα ηλεκτρ. τροφοροποιήθηκε μέσω πηκτών πολυακρυλαμιδίου 10%. Μετά τη μεταφορά πρωτεϊνών σε μεμβράνες διφθοριδίου πολυβινυλιδενίου (Millipore Billerica, MA, USA), οι μεμβράνες μπλοκαρίστηκαν σε αλατούχο ρυθμισμένο με φωσφορικά άλατα+0.05% Tween-20 που περιείχε 2% ξηρό γάλα χωρίς λιπαρά και ξεπλύθηκαν με νερό και αφέθηκαν να στεγνώσουν. Κατασκευάστηκαν λωρίδες, καθεμία από τις οποίες περιείχε τρεις λωρίδες (δείκτης μοριακού βάρους, μη μολυσμένα Telo-RF και μολυσμένα λύματα κυττάρων Telo-RF) και προστέθηκε πρωτογενές αντίσωμα (ανθρώπινο πλάσμα) σε αραίωση 1∶20 και επωάστηκε όλη τη νύχτα στους 4 ° C. Οι λωρίδες πλύθηκαν τρεις φορές σε φυσιολογικό ορό ρυθμισμένο με φωσφορικά άλατα+0.05% Tween-20 πριν από την προσθήκη δευτερογενούς κατσικίσιας υπεροξειδάσης ραπανάκι αντι-ανθρώπινου αλόγου (Thermo Scientific and GE Healthcare Rochester, NY, USA) σε αραίωση 1∶5000 για 1 ώρα σε θερμοκρασία δωματίου Το Οι λωρίδες πλύθηκαν άλλες τρεις φορές πριν ξεπλυθούν με νερό και εφαρμόστηκε σταθεροποιημένο υπόστρωμα 3,3 ′, 5,5′-τετραμεθυλβενζιδίνης για υπεροξειδάση ραπανάκι αλόγου (Promega Madision, WI, USA) για να απεικονίσει ταινίες. Πλάσμα από BGH4, γνωστό SFV θετικό άνθρωπο20Jones-Engel L, May CC, Engel GAet al. Διάφορα πλαίσια ζωονοσολογικής μετάδοσης αφρωδών ιών προσομοίωσης στην Ασία. Emerg Infect Dis2008, 14: 1200-1208. [Crossref], [Google Scholar] χρησιμοποιήθηκε ως θετικός έλεγχος. Απομόνωση DNA από πλήρες αίμα Συνολικό γονιδιωματικό DNA εξήχθη από ολόκληρο το αίμα των ανθρώπων χρησιμοποιώντας το μίνι κιτ αίματος QIAamp DNA (Qiagen) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή. Εκχυλίσαμε DNA από 200 μL πλήρους αίματος. Το καθαρισμένο DNA εκλούστηκε σε 200 μL ρυθμιστικού AE. Ενίσχυση PCR gag και pol τεμαχίων από γονιδιωματικό DNA. Συνολικά 15 μL του απομονωμένου DNA χρησιμοποιήθηκαν για PCR ενίσχυση gag ή pol θραυσμάτων με PCR δύο γύρων. Η PCR του πρώτου γύρου ήταν μια πολλαπλή αντίδραση τόσο με gag όσο και με εκκινητές pol (αλληλουχία εκκινητή: G1 (+) (nt 114-134, ληφθείσα από την αλληλουχία SFV1 GeneBank NC_001364 NC_001736) 5′-AGG ATG GTG GGG ACC AGC TA-3 ′ · G2 (-) (nt 1451–1433) 5′-CAG GAA GAG GTA CTC GGG G-3 ′; P1 (+) (nt 5179–5200) 5′-GCC ACC CAA GGA AGT TAT GTG G-3 ′; P2 ( -) (nt 5768–5749) 5′-GCT GCC CCT TGG TCA GAG TG) -3. Οι αντιδράσεις μετουσιώθηκαν στους 95 ° C για 3 λεπτά, ακολουθούμενοι από δύο κύκλους 95 ° C για 30 δευτερόλεπτα, 38 ° C για 1 λεπτό, 72 ° C για 1 λεπτό, στη συνέχεια ακολούθησαν 25 κύκλοι 95 ° C για 30 δευτερόλεπτα , 52 ° C για 1 λεπτό και 72 ° C για 1 λεπτό. Το νερό χρησιμοποιήθηκε ως αρνητικός μάρτυρας. 2 μL του προϊόντος PCR χρησιμοποιήθηκαν ως πρότυπο για τον δεύτερο γύρο PCR. Είτε gag είτε pol primers (G3 (+) (nt 190–212) 5′-CAA CCT AGA TGG AGA GCT GAA GG-3 ′; G4 (-) (nt 1425-1406) 5′-GGG GAC AAA CTA CGG CTG GG-3 ′; P5 (+) (nt 5339–5361) 5′-TAA TCC TCC AGG GTA TCC AAA A-3 ′; P6 (-) (nt 5728-5707) 5′-ATA CCA TCG ACT ACT ACA AGG Α-3 ′) χρησιμοποιήθηκαν για την ενίσχυση μεμονωμένων θραυσμάτων. Οι αντιδράσεις μετουσιώθηκαν στους 95 ° C για 3 λεπτά, ακολουθούμενες από 35 κύκλους των 95 ° C για 30 δευτερόλεπτα, 52 ° C για 1 λεπτό και 72 ° C για 1 λεπτό. Τα αναμενόμενα μεγέθη των προϊόντων PCR για gag και pol είναι 1235 bps και 390 bps, αντίστοιχα. Κλωνοποίηση και προσδιορισμός αλληλουχίας θραυσμάτων gag Τα προϊόντα FV PCR καθαρίστηκαν με γέλη χρησιμοποιώντας ένα κιτ εκχύλισης γέλης QIAquick (Qiagen) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή. Τα καθαρισμένα θραύσματα συνδέθηκαν στον φορέα κλωνοποίησης TOPO-TA (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) και μετασχηματίστηκαν σε Escherichia coli TOP10 ικανά κύτταρα (Invitrogen). Επιλέχθηκαν πολλαπλές αποικίες για κάθε δείγμα gag και το πλασμιδικό DNA καθαρίστηκε και προσδιορίστηκε η αλληλουχία του. Η αλληλουχία πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας αστάρια M13 εμπρός και αντίστροφα, καθώς και εσωτερικά εμπρός και αντίστροφα αστάρια για gag από το University of Washington Genomics Facility ή το GeneWiz Inc. (Σιάτλ, WA, ΗΠΑ). Τα ιικά στελέχη συμβολίζονται με πεζά γράμματα για να τα διακρίνουν από τις γεωγραφικές τοποθεσίες όπου έγινε δειγματοληψία από ανθρώπους ή μακάκους (π.χ., το Dhamrai είναι μια περιοχή μελέτης όπου εντοπίστηκε το στέλεχος του πυρήνα dhamrai.) Απομόνωση RNA από παρειακά επιχρίσματα (Qiagen) αποψύχθηκαν στους 37 ° C για 15 λεπτά με 40 U του αναστολέα της ριβονουκλεάσης RNaseOUT (Invitrogen) και 1 U της ελεύθερης RNase DNase I (Promega) αμέσως πριν από την εξαγωγή RNA. Ολικό RNA εξήχθη σύμφωνα με το τυπικό πρωτόκολλο χρησιμοποιώντας το RNeasy Mini Kit (Qiagen). Το RNA κατεργάστηκε και πάλι με 40 U RNaseOUT και 1 U χωρίς RNase DNase Ι στους 37 ° C για 1 ώρα. Τα δείγματα στη συνέχεια επωάστηκαν στους 65 ° C για 15 λεπτά για να αδρανοποιήσουν τα ένζυμα. Το RNA αποθηκεύτηκε στους -20 ° C για μετέπειτα χρήση. Πραγματοποιήθηκε αντίστροφη μεταγραφή-PCR (RT-PCR) παρειακού επιχρίσματος RNART-PCR για κλωνοποίηση μερικών αλληλουχιών gag (1235 bp) από στοματικό RNA επιχρίσματος. Το cDNA πρώτου κλώνου συντέθηκε χρησιμοποιώντας το σύστημα Thermoscript RT-PCR (Invitrogen) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή χρησιμοποιώντας ένα αστάρι Oligo (dT) 18. Οι αντιδράσεις RT απενεργοποιήθηκαν στους 85 ° C για 5 λεπτά. Τα cDNA που προέκυψαν χρησιμοποιήθηκαν ως πρότυπο για δύο στρογγυλές PCR όπως περιγράφηκαν παραπάνω για ενίσχυση Fag gag ολόκληρου του αίματος. Ανάλυση Μέθοδοι ομαδοποίησης και ανάλυση υπερμεταλλαγής Οι εξεταζόμενες εξισώσεις σε αυτή τη μελέτη έδειξαν αποδείξεις υπερμεταλλαγής που μεσολαβεί APOBEC3. Μια λεπτομερής ανάλυση αυτής της δραστηριότητας παρουσιάζεται στους Matsen et al. (αδημοσίευτος). Αυτή η ανάλυση παρήγαγε υποτιθέμενες ευθυγραμμίσεις αρνητικής αλληλουχίας υπερμεταλλαγής αφαιρώντας στήλες ύποπτες για υπερμεταλλαγή. Αυτές οι ευθυγραμμίσεις χρησιμοποιήθηκαν για το υπόλοιπο των αναλύσεων σε αυτήν τη μελέτη, προκειμένου να αποφευχθεί η συγχώνευση υπερμεταλλαγής και γνήσιου φυλογενετικού σήματος. Φυλογενετικές αναλύσεις Ένα φυλογενετικό δέντρο κατασκευάστηκε από την υποτιθέμενη ευθυγράμμιση χωρίς μεταλλαγές χρησιμοποιώντας FastTree 2.1.7.21Price MN.DPAAP FastTree: υπολογισμός μεγάλων ελάχιστων δένδρων εξέλιξης με προφίλ αντί μήτρα απόστασης. Mol Biol Evol2009, 26: 1641-1650. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar], 22Price MN, Dehal PS, Arkin AP.FastTree 2-περίπου δέντρα μέγιστης πιθανότητας για μεγάλες ευθυγραμμίσεις. PLoS ONE2010 · 5: e9490. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Αυτό το δέντρο οπτικοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το Archeopteryx (https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx). Από την ίδια ευθυγράμμιση, SplitsTree 4.12.823Huson DH, Bryant D. Εφαρμογή φυλογενετικών δικτύων σε εξελικτικές μελέτες. Mol Biol Evol2006, 23: 254–267. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] χρησιμοποιήθηκε για την παραγωγή ενός δικτύου διασπάσεων. Ανάλυση στελέχους Τα στελέχη αναγνωρίστηκαν περνώντας την αρνητική ευθυγράμμιση υπερμεταλλαγής μέσω ενός επαναληπτικού αλγορίθμου ομαδοποίησης πρόσφατης συσσώρευσης. Διαπιστώθηκε ότι μια μεμονωμένη εφαρμογή του UCLUST v1.124Edgar RC. Αναζητήστε και ταξινομήστε τάξεις μεγέθους γρηγορότερα από το BLAST. Βιοπληροφορική2010; 26: 2460–2461. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] παρήγαγε φτωχά αποτελέσματα ομαδοποίησης λόγω της άπληστης φύσης του αλγορίθμου. Εφαρμόστηκε ένας επαναληπτικός αλγόριθμος πρόσφατης έκδοσης, που προτάθηκε από τον συντάκτη του UCLUST στη διεύθυνση http://drive5.com/usearch/manual/recenter.html, ο οποίος αντιμετώπισε καλά αυτό το ζήτημα. Για κάθε γύρο ομαδοποίησης, αλληλουχίες συναίνεσης από τον προηγούμενο γύρο προστέθηκαν στην κορυφή μιας μη ευθυγραμμισμένης ευθυγράμμισης, με σειρά μεγέθους συμπλέγματος από τη μεγαλύτερη έως την ελάχιστη. Για αυτήν την επανάληψη, η ομαδοποίηση πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το cluster_smallmem, δημιουργώντας νέες αλληλουχίες και συστάδες. Αυτή η διαδικασία επαναλήφθηκε δύο φορές. Οι εργασίες συμπλέγματος βελτιώθηκαν περαιτέρω από ένα σενάριο που βρήκε το πραγματικό κεντροειδές κάθε συμπλέγματος, όπως ορίζεται από την ακολουθία με ελάχιστη μέση κανονικοποιημένη απόσταση Hamming σε κάθε άλλη ακολουθία του συμπλέγματος. Στη συνέχεια, το σενάριο ελέγχθηκε για να βεβαιωθεί ότι κάθε ακολουθία ομαδοποιείται με το κεντροειδές στο οποίο ήταν πιο κοντά (και πάλι, όπως ορίζεται από την κανονική απόσταση Hamming), κάνοντας επανατοποθετήσεις όπως απαιτείται. Αυτός ο επαναληπτικός αλγόριθμος εφαρμόστηκε χρησιμοποιώντας ένα όριο 97.77%. Αυτό το κατώφλι, ενώ είναι ελαφρώς υψηλότερο από αυτό που χρησιμοποιήθηκε στη συνοδευτική μας μελέτη, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Δυναμική πληθυσμού μακάκων rhesus και σχετικού αφρώδους ιού στο Μπαγκλαντές. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [ο Google Scholar] αντικατοπτρίζει καλύτερα το κάπως χαμηλότερο ποσοστό διαφοροποίησης ακολουθιών ως αποτέλεσμα της αφαίρεσης στηλών που είναι ύποπτες για υπερμεταλλαγή. Όπως αναφέρθηκε παραπάνω, τα ιικά στελέχη σημειώνονται με πεζά γράμματα για να τα διακρίνουν από τις γεωγραφικές τοποθεσίες όπου έγινε δειγματοληψία ανθρώπων ή μακάκων (π.χ., το Dhamrai είναι μια περιοχή μελέτης όπου βρέθηκε κυρίως το στέλεχος του πυρήνα dhamrai.) Στατιστικές μέθοδοι Στατιστική ανάλυση δημογραφικών μεταβλητών ήταν πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το στατιστικό πακέτο λογισμικού JMP (SAS Institute, Cary, NC, USA). πραγματοποιήθηκε ανάλυση πινάκων έκτακτης ανάγκης με τη λειτουργία R fisher.test.25 R Core Team. R: Γλώσσα και περιβάλλον για στατιστικούς υπολογισμούς. Βιέννη: R Foundation for Statistical Computing, 2012. [Google Scholar] RESULTSD Δημογραφικά δεδομένα συμπεριλαμβανομένων των εκθέσεων σε NHPΣε περίοδο 5 ετών, 2007–2011, συλλέχθηκαν βιολογικά δείγματα από 222 άτομα.

Αφήστε μήνυμα 

Λίστα μηνυμάτων